GenBank, ciencia y lo wiki

Otro ejemplo relevante de e-ciencia, aunque no tiene que ver con grid, ni con ciencia distribuida, es GenBank, una de las fuentes de datos científicos más conocidas, seguramente, y un exponente básico de la tecnociencia biológica. GenBank es un archivo de secuencias de DNA obtenidas como resultado de investigaciones específicas, avaladas mediante alguna publicación formal, que se ponen a disposición de la comunidad científica. Se trata, pues, de un sistema público, abierto y cooperativo, sostenido por el National Center of Biotechnology Information (NCBI) de los National Institutes of Health (NIH).

GenBank nació hace ya tiempo, en 1982, si bien su despegue y crecimiento está siendo espectacular desde hace diez años, como el de toda la genómica, proteómica y la biotecnología en general. Ahora incluye cerca de doscientos mil millones de bases de DNA, según una noticia reciente de la revista Science (*). Los registros de GenBank se pueden consultar en diferentes configuraciones de ficheros y mediante diversas interfaces de recuperación y explotación: principalmente Entrez, el sistema con que también se utiliza PubMed, y BLAST, un conjunto de herramientas especializadas para el tratamiento informático de biosecuencias.

Me ha llamado la atención el contenido de la mencionada noticia de Science (*). El precipitado crecimiento de GenBank, según sus críticos, está llevando a demasiados errores, que resultan muy graves, porque el archivo en cuestión es una de las fuentes de referencia para el progreso en la investigación genética (junto con las que mantienen, coordinadamente, EMBL en Europa y el DNA Data Bank of Japan). Pues bien, varios especialistas en micología, habiendo detectado errores importantes en secuencias de DNA de diversos hongos, se han dirigido al NCBI para proponer que se permita a los investigadores que descubran fallos en GenBank corregirlos libremente, modificar los datos en el archivo. O sea, editar los contenidos un poco al estilo de la Wikipedia. Los responsables del NCBI han contestado que ni hablar, y que existen procedimientos para promover la corrección o las apostillas a los datos. Que no van a “wikizar” GenBank.

La ciencia es una actividad intersubjetiva de depuración y tratamiento de información en la que se genera nueva información más fiable, pero este caso conduce a reflexionar y dudar acerca de cuánto de abierta, interactiva y participativa haya de ser dicha tarea. O sea, sabemos que la ciencia es esencialmente comunicativa, pero los asuntos ahora se complican: ¿cuánto de comunicativa, cuánto de wiki debe ser, exactamente? Se construyen e-infraestructuras para hacer ciencia distribuida, ¿debería ser GenBank más liberal, más moderno? ¿Dónde se ponen los límites y en qué casos se ponen límites? ¿Habrá que estudiar cada proyecto, cada circunstancia, analizar en concreto, en cada comunidad investigadora?

(*)  Pennisi, E. Proposal to ‘Wikify’ GenBank Meets Stiff Resistance. Science, 2008, 319(5870):1598-1599 

Una respuesta a GenBank, ciencia y lo wiki

  1. Hola Luis
    Muy interesante tu post. La tremenda base de datos de Genbank no sería lo que es, sino se tratara de una construcción ¨abierta¨. Las tecnologías de la información han motorizado e incrementado el acceso a información, han permitido un flujo mayor de datos, información, etc… esto ha hecho un poco más abiertas muchas de las ciencias a la cooperación, favoreciendo su propio avance. Estoy convencida de que la e.ciencia es muy útil e incluso representa un cambio mental para muchos, sin embargo, creo que particularmente para el GenBank debe haber un filtro por lo que esta base de datos representa.

    Janneth

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