ChemSpider, búsqueda química

ChemSpider es un buscador especializado en información química que lleva funcionando algo más de un año. Su finalidad declarada es reunir e indizar estructuras químicas y su información asociada en un único repositorio donde todo el mundo pueda buscar y acceder a los datos sin tener que pagar (hacia la Open Chemistry).

ChemSpider proporciona información sobre más de diez millones de sustancias químicas, procedente de cerca de cien fuentes de datos químicos muy diferentes, como bases de datos públicas o comerciales, achivos ambientales, toxicológicos o analíticos, catálogos de proveedores industriales, etc. También admite contenidos aportados por los usuarios. Incluye muchos datos propios, residentes, de cada sustancia, pero también muestra enlaces profundos a los registros de fuentes de datos externas (en algunos casos, de pago), para ampliar la información.

En ChemSpider se pueden buscar las sustancias por sus diversas denominaciones, por código SMILES, cadenas InCHI, número Registry, molfiles, o dibujando estructuras mediante un applet o un software que se facilita. La búsqueda estructural permite recuperar por estructuras y subestructuras, exactas o similares. El sistema ofrece otras formas de consulta: por propiedades de las sustancias, por elementos químicos presentes y ausentes en las moléculas, por fuentes de datos, por valores de descriptores moleculares LASSO (Ligand Activity by Surface Similarity Order). Existe también una prestación integrada de búsqueda avanzada y otra de historial de búsquedas realizadas.

Además, ChemSpider facilita información bibliográfica (y textos íntegros) mediante dos opciones: Literature search (que corresponde al buscador ChemRefer), con la que se consultan diversas revistas y colecciones de revistas electrónicas, incluyendo PubMed Central, y NCBI Entrez Search, que directamente rastrea sólo PubMed. El sistema de búsqueda bibliográfica es algo rudimentario, no obstante.

Aparte de las búsquedas, ChemSpider dispone de un menú de servicios donde se facilita la conversión entre métodos de identificación de sustancias (códigos, nombres, estructuras…), y el cálculo o predicción de propiedades moleculares en relación con las estructuras químicas, etc.

ChemSpider cuenta con una serie de blogs asociados (Open Chemistry Web, ChemSpider Blog, etc.), que cumplen una función informativa y de apoyo en la promoción de la Open Chemistry.

ChemSpider resulta una potente instrumento de rastreo de información química en Internet, un interesante punto de acceso común a datos moleculares disponibles en la Red. Con la filosofía del motor de búsqueda especializado, aporta además valor añadido al ofrecer contenidos y herramientas de cálculo propias. Está en la línea de eMolecules, pero con más contenidos residentes y con una orientación más científica y menos dirigida a los catálogos industriales. En este sentido, ChemSpider se parece más a ChemFinder, aunque tiene lógicamente una carácter más abierto, con menos restricciones que éste, que es la versión gratuita de un sistema comercial.

• Williams, Antony. ChemSpider and its Expanding Web: Building a Structure-Centric Community for Chemists. Chemistry International, 2008, 30(1).

P.S. 13-05-08: Con el título «Chemists spin a web of data», se publica una noticia sobre el tema en la revista Nature, 453(7192):139, del 8 de mayo de 2008.